ストーリーに変更のないCCRは、内容的には原作とリメイクどちらにも繋がるということなので、
クラウドがバスターソードを継承している以上、リメイク本編のザックスは死亡しているんだと思う

また、291 で挙げられた記事によると、
R三部作は過去を変える作りにはなっていないということなので、
フィーラーを倒しても、リメイク本編の過去にあたる出来事は変わらない、
例えばCCRでザックスが生存していたことになるような過去改変は起こらないんじゃないかな